La structure de la FGTB colle à plusieurs réalités :
- Celle du travail et des entreprises : l’affilié est membre d’une Centrale Professionnelle compétente pour l’action syndicale spécifique au secteur dans lequel il travaille. Elle assure les services dans ce domaine.
- Celle d’un état fédéral : à chaque échelon de pouvoir, il existe une structure interprofessionnelle de la FGTB. Outre sa structure fédérale, la FGTB est composée de trois Interrégionales : l’Interrégionale wallonne, l’Interrégionale flamande et l’Interrégionale de Bruxelles.
La FGTB est également constituée de Régionales qui défendent les intérêts des travailleurs dans la région où ils habitent et assurent des services à destination des affiliés : service «Chômage», Office de Droit Social…
Dans cette structure, la FGTB wallonne est l’instance interprofessionnelle qui traite des matières relevant des compétences de la Wallonie et de la Fédération Wallonie-Bruxelles. Elle exprime aussi une sensibilité wallonne sur les dossiers fédéraux : sécurité sociale, fiscalité, services publics…